历史
1854年，神奈川条约签订，日本开放下田与箱馆（今函馆）两港口与美国通商。
1859年，长崎、神奈川及箱馆（函馆）之港口设立“运上所”负责监督货物税金的徴收，为税关的前身。
1872年11月28日，运上所更名为“税关”。
1890年9月8日，设立函馆、新潟、横滨、大阪、神户、长崎六个地区的税关和其管辖区域。
1902年11月5日，废除新潟税关，其管辖区域分配至横滨、大阪、函馆之各税関。
1909年4月1日，桦太厅加入函馆税关管辖区域。
1909年11月5日，门司税关从长崎税关中独立。
1937年10月1日，设立名古屋税关，接管部分横滨税关和大阪税关的管理区域。
1943年11月1日，海事行政一元化，税关业务由运输通信省总局属下的海运局接管，废除税关。
1946年6月1日，战后重设税关部门，设立函馆、横滨、名古屋、大阪、神户、门司六个地区单位。
1953年8月1日，设立东京税关接管部分横浜税关的管理区域。同日设立长崎税关接管部分门司税关的管理区域。
1972年5月15日，设立冲绳地区税关管辖冲绳县。
条例
海关法（CUSTOMSLAW）、海关法（CUSTOMSTARIFFLAW）及临时关税法（TEMPORARYTARIFFLAW）是日本海关关税政策与行政管理的基本法律条文。
职能
（1）征收进口关税、消费税和进口货物应纳的其他国内税（每年征税约5万日元，占日本年度税收的10%）；
（2）对货物流动进行监管，防止有害物品走私进入日本（如麻醉品、火器和其他违禁品）；
（3）促进贸易便利，协调国际贸易手续，促进世界经济增长和人民生活水平的提高。
职责
（1）对关税、吨位税、特别吨位税以及其它海关管理事项进行调研、规划（包括与外国谈签关税协定）；
（2）决定并征收关税、吨位税、特别吨位税和国际货物消费税；
（3）依照海关法及其它有关法律条文对进出口货物、船只、飞行器及旅客进行监管控制；
（4）保税区监管；
（5）向报关行和报关员发放报关许可,并对其进行监督管理；
（6）对日本自动化货物报关系统中心进行管理；
（7）编制海关统计数据；
（8）对海关关员进行教育培训；
（9）为“海关、关税、外汇与其它交易理事会”提供支持。日本通过关区海关管理各地区海关务，关区海关受海关关税局直接监管控制。
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